Но, как и всегда, успехи сменялись неудачами. В 1991 году компания впервые отчиталась об убытках. Слабым местом компании являлось то, что существенная часть прибыли поступала от продажи рабочих станций, клиенты же хотели использовать программное обеспечение компании, вместе со своей аппаратной частью. Кризис продлился до 1993 года, компании потребовалось время для переориентации в изменившихся условиях, оптимизации своих продуктов и подготовки нового наступления на рынок. Это было наглядным примером того, что вычислительные мощности становились все более доступными, то, что раньше сдерживало распространение первых CAD систем, теперь играло гораздо меньшую роль.
Стоит остановится на поглощениях других компаний. О многих из них, таких как Daisy Systems, мы можем узнать разве что со страницы компании в википедии. Другие оставили след в её продуктах, к примеру, VeriBest в названиях шрифта для гербер файлов. Решения некоторых прочно закрепились в матрице продуктов компании. Компания Hyperlynx сначала вошла в состав компании Pads, на тот момент независимой, усилив позиции этого игрока мид-маркета, и лишь в последствие они обе окажутся в составе Mentor Graphics. Уже относительно недавно, в 2009 году была присоединена компания Valor Computerized Systems. Последним приобретением компании является Avatar Integrated Systems Inc в июле 2020 года, что поможет усилить позиции Mentor Graphics на рынке программного обеспечения для разработки микроэлектроники, дополнив и без того обширный инструментарий, включающий в себя такие решения как Calibre® platform, Tessent™ software, and Catapult™ HLS software.
Отдельно стоит отметить историю взаимоотношений с одним из главных конкурентов — компанией Cadence, которая была основана путём слияния SDA Systems и ECAD Inc. в 1988 году, причем незадолго до этого Mentor Graphics рассматривал возможность покупки ECAD Inc., но руководство посчитало, что это лишь продублирует решения компании. А через 20 лет уже Cadence выдвигало предложение о покупке Mentor Graphics. Обе компании продолжают конкурировать друг с другом как в сфере разработки печатных плат, так и в микроэлектронике.